Viimase viieteistkümne aasta jooksul on looduskaitse haldussüsteemi läbinud mitmed muudatused. Juba ainuüksi viimase nelja-viie aasta jooksul on süsteemi muudetud kahel korral: Riikliku Looduskaitse Keskus (LKK) loomine jaanuaris 2006 ja selle tegevuse lõpetamine jaanuaris 2009. a. ning Riigi Keskkonnaameti (KKA) loomine 2009.a. veebruaris. Viimati nimetatud muudatusi võib pidada looduskaitse haldussüsteemi reformideks, kuivõrd moodustati ja likvideeriti asutusi ja muudeti nende juhtimist ja funktsioone.